Należy prawdopodobnie do najstarszych osad położonych w bezpośrednim sąsiedztwie Gdańska. Dzisiejszy swój kształt zawdzięcza m.in. "wchłonięciu" osad: Stare Szkoty, Chmielniki, Ptaszniki i Dolnik. Ze źródeł pisanych wiadomo, że około połowy XIII w. Orunia została podarowana biskupowi włocławskiemu przez księcia Świętopełka.
Poczynając od połowy XV stulecia zaczęli się tu masowo osiedlać wędrowni rzemieślnicy, handlarze, Żydzi. Przede wszystkim tkacze ze Szkocji (stąd nazwa Stare Szkoty w odróżnieniu od późniejszych Nowych Szkotów nie opodal Wrzeszcza). Rzemieślnicy oruńscy - nie zrzeszeni w cechach - stanowili poważną konkurencję dla rzemieślników gdańskich, toteż przy każdej nadarzającej się okazji (głównie przed spodziewanymi oblężeniami) gdańszczanie palili przedmieścia, w tym Orunię, rzekomo wyłącznie z powodów militarnych.
Pomiędzy rolniczą Orunią a rzemieślniczym przedmieściem Stare Szkoty rozpościerał się pas urodzajnej ziemi, która już w średniowieczu nosiła nazwę Chmielniki. Później wszystkie wymienione osady zlały się w jedną, nazwaną Orunią.

W 1338 r. miejscowość uzyskała prawo chełmińskie. W 1412 r. istniały tu trzy karczmy i dwa tartaki. W latach 1431-1433 spustoszyli wieś husyci, sprowadzeni przez Władysława Jagiełłę do walki z Krzyżakami. W 1457 r. król Kazimierz Jagiellończyk ofiarował Orunię Gdańskowi, podobnie jak wiele innych okolicznych miejscowości. W latach 1519 i 1577 puszczono wieś z dymem, ale żyzne ziemie pozwalały na szybkie odradzanie się osadnictwa. W 1608 r. luteranie oruńscy wybudowali dla swoich potrzeb świątynię, która - po wielu pożarach i zniszczeniach wojennych - przetrwała aż do naszych czasów. Od 1945 r. należy ona - pod wezwaniem Najświętszego Serca Pana Jezusa - do księży salezjanów.
W latach 1615-1617 zbudowano w Oruni pierwszy kościół jezuicki - parokrotnie później palony, aż wreszcie rozebrany w 1747 r. Na jego miejscu stanął w 1755 r. kościół późnobarokowy św. Ignacego Loyoli, także pod zarządem jezuitów, który przetrwał do dziś w dawnym kształcie (choć w 1807 r. utracił obie wieże).

Najsłynniejszą placówką naukową oruńskiego przedmieścia było funkcjonujące tu przez blisko dwa wieki (1621-1807) kolegium jezuickie. Do jego najbardziej znanych uczniów należał, w latach 1755-1762, Józef Wybicki, przyszły autor polskiego hymnu narodowego.
Od początków XVII w. do dzisiaj szczególnie malowniczym miejscem Oruni jest, przytaczając dawną nazwę, park Hoenego - niegdyś należący, wraz z rezydencją, do kilku po kolei rodów patrycjuszy, a dziś będący parkiem publicznym.
W okresie wojen napoleońskich wokół Gdańska (1807, 1813) Orunię dwukrotnie palono i niemal równano z ziemią. Dawna zamożna wioska przestała istnieć i nigdy już nie wróciła do świetności z przełomu XVII i XVIII w. Tym bardziej, że w styczniu 1817 r. przeszedł nad nią huragan, a w kwietniu 1829 r. rozlanie się Wisły spowodowało groźną, wyniszczającą powódź.
W 1852 r. przez Orunię puszczono odgałęzienie wschodniopruskiej linii kolei żelaznych, od strony Tczewa ku Gdańskowi. Zaważyło to jednoznacznie na zmianie charakteru miejscowości, która odtąd zaczęła się z wolna przekształcać w podmiejską dzielnicę robotniczą. W 1858 r. liczba mieszkańców Oruni wynosiła 3,5 tysiąca i szybko rosła. Pojawiły się tu dotychczas nie spotykane, wielopiętrowe kamienice i murowane kolonie robotnicze.

O dynamice rozwoju Oruni, określanej w latach 80. XIX w. mianem największej wsi w Prusach Zachodnich, świadczą dane dotyczące liczby mieszkańców. W 1868 r. było ich 4200 (w tym 2765 ewangelików), w 1875 - już 5100, w 1895 - około 6870, a w 1905 - blisko 11 tysięcy.
W połowie lat 20tych naszego wieku " największa pruska wieś" liczyła 12,5 tysiąca mieszkańców (w tym około 5 tysięcy katolików, w znacznej mierze Polaków). Rok 1933 przyniósł wreszcie zmianę statusu osiedla - odtąd stało się, już oficjalnie, dzielnicą Wolnego Miasta Gdańska. W czasie działań wojennych 1945 r. dzielnica oruńska została poważnie zniszczona. Do dziś jest to zresztą jeden z mocniej zaniedbanych rejonów Gdańska.

W latach 80tych i 90tych wyżynne tarasy na zachód od starej substancji urbanistycznej zabudowano nowoczesnymi osiedlami mieszkaniowymi (segmentowymi i wielorodzinnymi); zajmowana przez nie połać nosi wspólną nazwę Orunia Górna. Tutejszym kościołem parafialnym stała się nowo zbudowana świątynia pod wezwaniem św. Jadwigi Królowej.

Dotychczas Orunia kojarzyła się przede wszystkim ze starymi, zaniedbanymi budynkami, stojącymi wzdłuż głównej ulicy dojazdowej do Gdańska. Pierwsze dziesięciopiętrowe bloki na Oruni stanęły pod koniec lat sześćdziesiątych na terenach powyżej kanału Raduni w kierunku Kowal. Schyłek lat osiemdziesiątych to początek powstania Oruni Górnej.
Zbudowano wiele bloków, z dużymi i ładnymi mieszkaniami. Wszędzie jest czysto i estetycznie. Dojazd samochodem do centrum Gdańska zabiera kilka minut, autobusem niewiele więcej. Wraz z blokami mieszkalnymi pobudowano kompleksy handlowo-usługowe. Oprócz sklepów spożywczych można skorzystać z usług fryzjera, czy zaopatrzyć się w artykuły gospodarstwa domowego. Spółdzielnie mieszkaniowe dbają o to, by nie zabrakło placów zabaw dla dzieci i klubów osiedlowych.